Pro každý doktorát připravovaný v rámci cotutelle uzavírají partnerské instituce individuální Dohodu o dvojím vedení disertační práce, která stanovuje podmínky, časový harmonogram a ostatní náležitosti studia a obhajoby disertační práce. Podepisuje ji doktorand a jeho školitelé, děkan fakulty, rektor UK a příslušní představitelé partnerské instituce.

Doktorand je přihlášen a zapsán ke studiu na obou partnerských univerzitách podle platných pravidel a má tam všechna odpovídající akademická práva a povinnosti. Ustanovení v rámci uzavřené dohody mají přispět k tomu, aby se předešlo administrativním a průběhovým komplikacím. Nesmí být v rozporu s platnými předpisy pro doktorské studium v obou zemích a na příslušných univerzitách a fakultách.

Univerzity v zahraničí přistupují k uzavírání dohod o dvojím vedení disertačních prací různě, proto může docházet v jednotlivých dohodách k dílčím formálním a obsahovým modifikacím.